نهج الاحتمال المُعدَّل ومتوسط التقدير لتحليل بيانات المصفوفات الدقيقة (الميكروأراي)
الكلمات المفتاحية:
الاختبارات المتعددة، نهج الاحتمال، نهج متوسط التقديرالملخص
المجال المزدهر لعلم الجينوم أعاد إحياء الاهتمام بأساليب الاختبارات المتعددة، لأنه يُدخل تحديات منهجية وحسابية جديدة. تقدم دراسات المصفوفات الدقيقة للجينوم الكامل (مثال: التعبير التفاضلي، المثيلة التفاضلية، رقاقة ChIP) إمكانية اختبار ملايين السمات في جينوم واحد. تناقش هذه المقالة تفضيل نهج الاحتمال المُعدَّل ونهج متوسط التقدير (انظر: إعيضة، العماري وإيهويل، 2022؛ جيانغ ودورغ، 2008) لتقدير نسبة الفرضيات الصفرية الحقيقية π0 لبيانات تجربة رقاقة CHIP-on-chip. وهو ما تم بواسطة النفاتي، إليس وميلر 2016، للتعبير عن مكان ارتباط البروتين والحمض النووي، حيث أُخذت العينة من ذبابة الدروسوفيلا (ذباب الفاكهة) بثلاث مكررات لتحديد تأثير بروتين الهيستون على نمو الجنين. توضح الدراسة أن مقدر نهج الاحتمال المُعدَّل يعمل بشكل جيد جدًا.
التنزيلات
المراجع
Cheng Y, Gao D, Tong T. 2015. Boas and variance reduction in estimating the proportion of true null hypotheses. Biostatistics; 16: 189-204.
Elnfati AH, Iles D, Miller D. 2016. Nucleosomal chromatin in the mature sperm of Drosophila melanogaster. Genomics Data; 7: 175-177.
Ewhida A, Alammari A and Ihiwil E. 2022. Adjusted likelihood approach to estimate the proportion of true null hypotheses in multiple tests.
Hualing Z, Hanfeng C. 2021. Estimating the Proportion of True Null Hypotheses: a Likelihood Approach. Global Journal of Science Frontier Research: F Mathematics and Decision Sciences; 21(5): 2249-4626.
Jiang H, Doerge R. 2008. Estimating the proportion of true null hypotheses for multiple comparisons. Cancer Informatics; 6: 26-32.
Langaas M, Lindqvist BH, Ferkingstad E. 2005. Estimating the proportion of true null hypotheses with application to DNA microarray data. J. R. Stat. Soc B; 67: 555-572.
Oluyemi O, Hanfeng C.2016. Estimating the proportion of true null hypotheses in multiple testing problems. Journal of Probability statistics, Article ID 3937056.
Mosig MO, Lipkin E, Galina K, et al. 2001. A Whole Genome Scan for Quantitative Trait Loci Affecting Milk Protein Percentage in Israeli-Holstein Cattle, by Means of Selective Milk DNA Pooling in a Daughter Design, Using an Adjusted False Discovery Rate Criterion. Genetics; 157: 1683 -1698.
Nettleton D, Hwang JTG, Caldo RA, Wise RP. 2006. Estimating the Number of true null hypotheses from a Histogram of p-values. Biological, and Environmental statistics: 11: 337 - 356.
Tong T, Feng Z, Hilton JS, Zhao H. 2013. Estimating the proportion of true null hypotheses using the pattern of observed p-value. J. Appl. Stat.; 40: 1949-1964.
Shimazaki H, Shinomoto S. 2007. A Method for Selecting the Bin Size of a Time Histogram. Neural Computation 19(6):1503-27.
Wu B, Guan Z, Zhao H. 2006. Parametric and nonparametric FDR estimation revisited. Biometrics; 62: 735-744.
Zhao H, Wu X, Zhang H, Chen H. 2012. Estimating the proportion of true null hypotheses in nonparametric exponential mixture model with application to the leukemia gene expression data. Communication in statistics-simulation and Computation; 41: 1580-1592.
English (original from the PDF):
Cheng Y, Gao D, Tong T. 2015. Boas and variance reduction in estimating the proportion of true null hypotheses. Biostatistics; 16: 189-204.
Elnfati AH, Iles D, Miller D. 2016. Nucleosomal chromatin in the mature sperm of Drosophila melanogaster. Genomics Data; 7: 175-177
Ewhida A, Alammari A and Ihiwil E. 2022. Adjusted likelihood approach to estimate the proportion of true null hypotheses in multiple tests.
Hualing Z, Hanfeng C. 2021. Estimating the Proportion of True Null Hypotheses: a Likelihood Approach. Global Journal of Science Frontier Research: F Mathematics and Decision Sciences; 21(5): 2249-4626
Jiang H, Doerge R. 2008. Estimating the proportion of true null hypotheses for multiple comparisons. Cancer Informatics; 6: 26-32.
Langaas M, Lindqvist BH, Ferkingstad E. 2005. Estimating the proportion of true null hypotheses with application to DNA microarray data. J. R. Stat. Soc B; 67: 555-572.
Oluyemi O, Hanfeng C.2016. Estimating the proportion of true null hypotheses in multiple testing problems. Journal of Probability statistics, Article ID 3937056.
Mosig MO, Lipkin E, Galina K, et al. 2001. A Whole Genome Scan for Quantitative Trait Loci Affecting Milk Protein Percentage in Israeli-Holstein Cattle, by Means of Selective Milk DNA Pooling in a Daughter Design, Using an Adjusted False Discovery Rate Criterion. Genetics; 157: 1683 -1698.
Nettleton D, Hwang JTG, Caldo RA, Wise RP. 2006. Estimating the Number of true null hypotheses from a Histogram of p-values. Biological, and Environmental statistics: 11: 337 - 356.
Tong T, Feng Z, Hilton JS, Zhao H. 2013. Estimating the proportion of true null hypotheses using the pattern of observed p-value. J. Appl. Stat.; 40: 1949-1964.
Shimazaki H, Shinomoto S. 2007. A Method for Selecting the Bin Size of a Time Histogram. Neural Computation 19(6):1503-27.
Wu B, Guan Z, Zhao H. 2006. Parametric and nonparametric FDR estimation revisited. Biometrics; 62: 735-744.
Zhao H, Wu X, Zhang H, Chen H. 2012. Estimating the proportion of true null hypotheses in nonparametric exponential mixture model with application to the leukemia gene expression data. Communication in statistics-simulation and Computation; 41: 1580-1592.
